Dans un communiqué du 12 septembre, la direction de Tunisair a formellement démenti les informations circulant sur les réseaux sociaux, et affirmant qu'un appareil de la compagnie a été saisi à l’aéroport de Munich, dans le cadre de l'affaire BFT.

La compagnie a précisé qu'aucun vol n'est programmé vers la capitale bavaroise pour la journée de jeudi. Les deux vols retour vers la Tunisie, soit le TU543 pour Tunis et TU6499 pour Djerba ont été effectués normalement et conformément aux horaires ordinaires.